Asal usul Desa Sidakarya yang berkembang dikalangan masyarakat Sidakarya adalah berdasrkan bukti tertulis yaitu lontar Sidakarya. Dalam lontar tersebut dikatakan bahwa pada masa Pemerintahan Sri Dalem Waturenggong (tahun 1480 dampai dengan 1550) yang berkedudukan di Gelgel Klungkung, bermaksud mengadakan upacara nangluk merana di Pura Besakih dalam upaya meningkatkan kesejahteraan umatnya di bidang pertanian, perkebunan dan lain-lain.

Namun menjelang pelaksanaan upacara Nangluk Merana, terjadilah musibah yang menimpa masyarakat se Bali dengan terjangkitnya wabah penyakit, serta pertanian tidak berhasil (gagal panen), sehingga masyarakat mengalami kelaparan dan terserang berbagai penyakit. Atas petunjuk Ida SangHyang Widhi Wasa, dalam semadinya Raja memerintahkan patihnya untuk mencari Brahmana Keling yang pernah diusirnya dengan persyaratan akan diakui sebagai saudara apabila Sang Brahmana mampu menghilangkan wabah yang menyerang masyarakat Bali.

Ternyata benar, setelah Brahmana Keling tiba di istana dan mau diakui oleh Raja sebagai saudaranya, maka wabah yang menyerang masyarakat dapat seketika hilang, dan upacara nangluk merana di Pura Besakih dapat dilaksanakan dengan baik (Sidakarya). Sebagai tanda penghargaan, maka beliau Sri Dalem Waturenggong (Dalem Klungkung) atas jasa Brahmana Keling yang telah mengembalikan kesempurnaan alam seperti semula, maka Brahmana Keling diberi gelar Dalem Sidakarya yang berstana di Bandana Negara (Pura Mutering Jagat Dalem Sidakarya) dengan sabda segala upacara yadnya madya, utama yang dilaksanakan oleh umat Hindu agar terlebih dahulu mendapat Tirta Sidakarya, sebagai Tirta Penyidakarya, yang sampai saat ini tetap dilakukan umat.

Selanjutnya sesuai dengan Surat Keputusan Gubernur Daerah Tingkat I Bali, Nomor 57 Tahun 1982 tanggal 1 Juni 1982, Desa Sidakarya dikukuhkan menjadi Desa Difinitif, yang mana sebelumnya masih menjadi satu dengan Desa Sesetan yang sekarang menjadi Kelurahan. Sehingga dengan demikian, kita ketahui bahwa Desa Sidakarya resmi sebagai Desa Pemerintahan yang difinitif pada tanggal 1 Juni 1982, yang merupakan salah satu Desa di Kecamatan Denpasar Selatan, Kota Denpasar, Provinsi Bali. Dengan pesatnya laju pertumbuhan penduduk kota Denpasar menyebabkan terjadnya pemekaran wilayah dusun, yang awalnya hany 1 dusun, namun kini sudah mekar menjadi 12 Dusun.